La surveillance séro-épidémiologique, basée sur la détection de la présence d’anticorps contre COVID-19-19 (type IgM / IgG) dans le sérum, dans un échantillon représentatif de la population, est essentielle pour faire des déductions sur l’épidémie de COVID-19-19. Nous avons réalisé en collaboration avec le MRTC une première enquête dans la Commune 6 du district de Bamako et dans le district de Tombouctou épicentres de la pandémie au Mali, qui permettra de mieux comprendre l’épidémiologie de la maladie, de faire d’étude complémentaires et d’adapter la riposte contre cette pandémie au niveau local.
Au total, 2628 échantillons ont été collectés. Un résultat sérologique (IgG, IgM ou les deux) a été obtenu pour 2281 échantillons, alors que 347 échantillons n’ont pas pu être analysés. Les individus présentant un résultat positif pour IgG, IgM, ou les deux, ont été considérés comme positifs (n=536) Les individus présentant un résultat négatif pour IgG et IgM ont été considérés comme négatifs (n=1714). Les individus ayant un résultat négatif pour l’un des types d’Ig et une absence de résultat pour l’autre ont été exclus (n=31) Ainsi, l’analyse a porté sur 2250 échantillons pour lesquels un résultat robuste de séropositivité SARS-CoV-2 pouvait être établi.
| Sérologie | Bamako | Tombouctou | ||
|---|---|---|---|---|
| N | % | N | % | |
| Négatif | 1100 | 82,9 | 614 | 66,5 |
| IgG positif, IgM négatif | 170 | 12,8 | 262 | 28,4 |
| IgG négatif, IgM positif | 17 | 1,3 | 19 | 2,1 |
| IgG positif + IgM positif | 35 | 2,6 | 28 | 3,0 |
| IgG positif, IgM NA | 5 | 0,3 | 0 | 0 |
| Total échantillons validés | 1327 | 100 | 923 | 100 |
| Site | Période d’enquête | Nbre positif | Nbre négatif | seroprevalence | IC95% |
|---|---|---|---|---|---|
| Bamako | Septembre 2020 | 227 | 1327 | 17,1% | 15,1-19,2 |
| Tombouctou | Janvier 2021 | 309 | 923 | 33,5% | 30,4-36,6 |
Cette étude de séroprévalence réalisée dans les villes de Bamako et de Tombouctou a montré une forte séroprévalence COVID-19 en évolution croissante entre septembre 2020 et janvier 2021 au Mali. Les personnes séropositives fréquentaient les lieux de regroupement sans mesures de distanciation. Il serait nécessaire de suivre l’évolution de la séroprévalence dans la population malienne pour vérifier de sa solidité.
En conclusion, l’étude de la séroprévalence indique la prévalence de l’infection COVID-19 est élevée tant dans la Commune 6 du district de Bamako que dans le district de Tombouctou à Tombouctou. Le lavage des mains à Tombouctou était la seule mesure respectée car c’est une pratique courante et cette population qualifie la COVID-19 comme une punition divine.
Circulation au Mali des virus Chikungunya and O’nyong-nyong révélée par la sérologie.
Dans le cadre d’une collaboration entre le CICM-Mali et le Malaria Research and Training Center nous avons mené des enquêtes sérologiques qui sont essentielles pour quantifier l’immunité dans une population, mais la réactivité croisée sérologique altère souvent les estimations de la séroprévalence. Ici, nous montrons que la modélisation aide à relever ce défi clé en considérant l’importante réactivité croisée entre le Chikungunya (CHIKV) et le virus O’nyong-nyong (ONNV) comme une étude de cas. Nous avons développé un modèle statistique pour évaluer l’épidémiologie de ces virus au Mali. Nous avons calibré en outre le modèle avec des titres de neutralisation de virus appariés dans les antilles françaises, une région avec une circulation connue du CHIKV mais pas d’ONNV. Au Mali, l’estimation du modèle de la prévalence de l’ONNV et du CHIKV est de 30 % et 13 %, respectivement, contre 27 % et 2 % dans les estimations non ajustées. Alors qu’une infection par le CHIKV induit une réponse à l’ONNV dans 80 % des cas, une infection à l’ONNV entraîne une réaction croisée au CHIKV dans seulement 22 % des cas. Notre étude montre l’importance de mener des tests sérologiques sur plusieurs agents pathogènes à réaction croisée pour estimer les niveaux de circulation du virus.