Dans le cadre de la pandémie de la COVID-19 nous avons contribué au séquençage du virus avec nos partenaires et le CICM-Mali a participé à un consortium de surveillance moléculaire en Afrique> La progression de la pandémie de coronavirus 2 du syndrome respiratoire aigu sévère (SRAS-CoV-2) en Afrique a jusqu’à présent été hétérogène, et l’impact complet n’est pas encore bien compris. Dans cette étude, nous décrivons l’épidémiologie génomique à l’aide d’un ensemble de données de 8746 génomes provenant de 33 pays africains et de deux territoires d’outre-mer. Nous montrons que les épidémies dans la plupart des pays ont été déclenchées par des importations principalement en provenance d’Europe, qui ont diminué après l’introduction précoce des restrictions de voyage internationales.